Ang pagtutubig ay isa sa mga pangunahing gawain sa pamamahala para sa mga halaman ng bonsai. Ang pagdidilig ay tila simple, ngunit hindi madaling diligan ito ng tama. Ang pagtutubig ay dapat isagawa ayon sa mga species ng halaman, mga pagbabago sa pana-panahon, panahon ng paglago, panahon ng pamumulaklak, panahon ng dormancy at mga kondisyon ng panahon ng halaman. Ang pag-master ng oras at dami ng pagtutubig ay napakahalaga para sa paglaki ng mga halaman. Ang pagkamatay ng ilang halaman ng bonsai ay direktang nauugnay sa hindi tamang pagtutubig.

Bilang karagdagan sa pagbibigay ng tubig at sustansya sa mga nakapaso na halaman, pinapanatili din ng pot soil ang normal na paghinga ng hangin ng mga halaman. Kapag ang lupa ng palayok ay may sapat na kahalumigmigan, ang mga particle ng lupa ay lumalawak, pinipiga ang hangin sa mga puwang sa pagitan ng mga particle, na nagiging sanhi ng kakulangan ng hangin sa lupa ng palayok; kapag ang lupa ng palayok ay tuyo o medyo tuyo, ang mga particle ng lupa ay lumiliit, ang volume ay nagiging mas maliit, at ang mga puwang sa pagitan ng mga particle ay lilitaw muli. Ang mga puwang ay napuno ng hangin.

Habang nagbabago ang lupa sa pagitan ng tuyo at basa, ang hangin sa palayok na lupa ay patuloy ding umiikot, na nagpapahintulot sa mga ugat ng halaman na huminga nang normal. Pagkatapos ng bawat pagtutubig, ang mga ugat ng halaman ay magagawang tiisin ang kakulangan ng oxygen sa lupa ng palayok sa loob ng maikling panahon. Gayunpaman, kung ang lupa sa palayok ay masyadong basa sa mahabang panahon, na nagreresulta sa pangmatagalang kakulangan ng oxygen, ito ay magdudulot ng pagguho ng ugat at iba pang mga sakit; Kung ang lupa ay tuyo sa mahabang panahon, bagama't may sapat na oxygen sa pot soil, ang mga halaman ay hindi makakasipsip ng tubig sa mahabang panahon, na nakakasama rin sa paglaki ng mga halaman at maaaring maging sanhi ng pagkamatay nito. Samakatuwid, kapag nagdidilig ng mga halaman ng bonsai, ang prinsipyo ng "huwag diligan ang mga ito kapag sila ay tuyo, diligan ang mga ito ng lubusan" ay dapat sundin.

Ang hindi sapat na pagtutubig at pag-aalis ng tubig ng mga halaman ay magiging sanhi ng pagkalanta at pagkalanta ng mga sanga, at ang mga dahon ay malalanta, madilaw, at mahulog. Sa kaso ng coniferous species, ang mga karayom ​​ay magiging malambot at mawawala ang kanilang malakas at prickly na pakiramdam. Kapag matindi ang kakulangan ng tubig, ang cortex ng mga branchlet ay lumiliit na parang goosebumps. Kung nakatagpo ka ng sitwasyong ito sa tag-araw, dapat mong agad na ilipat ang halaman sa isang lilim na lugar. Matapos bumaba ang temperatura, mag-spray muna ng tubig sa mga dahon, pagkatapos ay magbuhos ng kaunting tubig sa palayok, at pagkatapos ay ibuhos ang tubig nang lubusan pagkatapos ng isang oras.

Para sa mga halamang lubhang na-dehydrate, siguraduhing hindi magdidilig ng sapat nang sabay-sabay, dahil kapag ang halaman ay lubhang na-dehydrate, ang root cortex ay lumiit at malapit sa xylem. Kung ang isang malaking halaga ng tubig ay biglang ibinibigay, ang sistema ng ugat ay lalawak dahil sa mabilis na pagsipsip ng tubig, na nagiging sanhi ng pagkalagot ng cortex, na humahantong sa pagkamatay ng halaman, kaya kailangang magkaroon ng unti-unting proseso ng pagbagay. Matapos ang mga halaman na malubhang kulang sa tubig ay sumailalim sa paggamot sa itaas, pinakamahusay na panatilihin ang mga ito sa ilalim ng isang lilim na malaglag sa loob ng ilang araw, at pagkatapos ay linangin ang mga ito sa araw pagkatapos na sila ay malakas. Gayunpaman, huwag mag-overwater. Bilang karagdagan sa nagiging sanhi ng paglaki ng mga halaman nang matarik, na nakakaapekto sa hugis ng puno at pandekorasyon na halaga, ang labis na pagtutubig ay maaari ring madaling maging sanhi ng pagkabulok ng ugat at pagkamatay. Ang mga maliliit na kaldero ng bonsai ay nangangailangan ng mas kaunting lupa, kaya lalong mahalaga na diligan ang mga ito sa tamang oras at sa tamang dami.